Sí, por lo general PHP no puede gestionar la sesión si abres una ventana nueva con javascript (popup / window.open), pero la solución es muy sencilla: basta pasar de alguna forma el id de sesión a la nueva ventana, bien por cookies o por parámetro en la url, y luego iniciar sesión en la nueva ventana pasandole dicho id a
session_start()
Sería algo así (no probado)
En la página que lanza el popup:
Código:
<a href="#" onclick="window.open('http://.......?idsesion=<?php echo session_id() ?>')">Nueva ventana</a>
En el popup, al principio de todo, antes de escribir cualquier texto:
Código:
<?php
session_id($_GET["idsesion"]);
session_start();
?>