Cuando quieres ejecutar un alert de javascript inmerso en tu código php, no es necesario que cierres con la etiqueta ?>, podrías hacerlo de la siguiente forma:
Cita: if (! mysql_query("CREATE DATABASE $basedatos", $link))
{
echo "<script language='javascript'> alert('Mensaje') </script>";
}
Espero haber comprendido bien tu mensaje y que sea lo que estabas buscando
Un saludo.