Hola:
En una capa creada dinámicamente, le puedes poner un atributo id, o mantener la capa en una variable...
Luego debes crear dentro de esa capa un tag iframe, y asignarle al atributo src la url que quieras...
var capa = createElement("div");
var ifr = createElement("iframe");
ifr.src = "destino.html";
capa.appendChild(ifr);
document.body.appendChild(capa);
En el ejemplo omití estilos y atributos, pero supongo que vale para mostrar la teoría.
Saludos
