prototype es na libreria escrita ej JS que te da ciertas facilidades para trabajar con AJAX y es mas que todo un modelo de trabajo para Javascript
lo encontras en
http://www.prototype.conio.net/
y yo habia empezado a traducir la documentacio no oficial, la podes encontrar
http://www.prototype.nefertiter.com/ , tiene un link a la documentacion oficial. tambien podes ver la pagina
http://script.aculo.us/ que tiene script basados en prototype y librerias escritas con prototype que te dan muchas funciones para hacer interactiva tu pagina.