lo que puedes hacer es colocar el fla en una pagina diferente, pero esta debe de ser php,jsp o calquier pagina dinamica (fla.php) y en la pagina principal deberas hacer colocar un iframe y el siguiente:
Código HTML:
<script>
function cargaFla(valor){
document.frames["VerFla"].location = "fla.php?dato="+valor;
}
</script>
<body>
<select id="selFla" name="selFla" onchange="cargaFla(this.value)">
<option value="algo">algo</option>
</select>
<iframe src="" name="VerFla" scrolling="No" frameborder="0" allowtransparency></iframe>
</body> con esto solo se actualizara el fla