Cita: En el mismisimo Notepad2, no se porque lo hace.
¿al reabrirlo?, ¿los cambios son instantáneos?

.... no creo captar bien la idea

; quizá una(s) captura(s) U_U. ¿Qué pasa si lo abres en otro editor?, --lo importánte-- ¿cómo se muestra el código fuente de tu página?
Si de PHP hablamos (no has mencionado lenguaje) también tienes utf8_encode()... pero lo ideal es tener el archivo bien codificado el archivo desde su fuente.
-- He comprobado que el Block de Notas (WinXP) trae la opción de guardar el archivo como UTF-8... prueba también.