En muchos casos un link es suficiente.
Cita: <a href="miarchivo.zip">Bajalo!!!</a>
en otros casos (cuando se trata de extenciones .xls , .pdf , .doc) se abren en el navegador.
Para que no ocurra esto tenes que utilizar lenguaje del lado del servidor. Para ello busca en el foro que corresponda (php, ASP, .Net, etc) poniendo en el buscador "forzar descarga".
saludos