.puedes hacer tu coddigo javascript con php usando header :)
javascript.php
Código PHP:
<?
HEADER('Content-type: application/x-javascript');
// aca con echo y if y demas tratas de hacer tu codigo javascript:
echo "alert('wiii');";
?>
asi controlas el contenido de js y lo puedes hacer modular
.....
punto y aparte y por si no sabes xD lo llamas asi desde tu html :
Código:
<script language="Javascript" type="JavaScript" src="http://tuurl.com/script.php"></script>