Tendrías que usar el TMPGEnc Plus, el que es encoder... no el DVD Author. En él eliges una plantilla PAL o NTSC, y si por ejemplo quieres hacer todo en PAL, coges cada vídeo NTSC que tengas y lo recodificas, los que ya son PAL evidentemente no te hace falta.
Te dejo un manual por si lo necesitas:
www.mundodivx.com/mpeg/tmpgenc.php
Otro programa algo más simple de usar y que también te serviría es el Canopus Procoder.