Hola
La solución es que uses virtualdubmod, ya que supongo que el problema está en que tu vídeo tiene audio MP3 de bitrate variable, que es un audio que virtualdub no soporta y produce ese tipo de fallos. Con virtualdubmod no sucede ya que sí lo soporta. Te dejo una guía para que te aclares, pues aunque es casi igual que el virtualdub, hay algunos detalles que cambian.
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