Como ya te comenté ..
Si tu código que ejecutas lo lanzas en una ventana .. cerrar esta se trata de que generes el HTML correspondiente y javascript ante tu situación PHP que se origine. Eso se "entrega" al cliente (tu navegador) y este hace su parte al ejecutarla (interpretar tu código javascirpt).
Código PHP:
<?
if ($tal_cosa=="talvalor"){
?>
<html>
<head>
</head>
<body onLoad="window.close()">
</body>
</html>
<?
}
?>
Si te fijas . .el proceso es "javascript" .. PHP no entiende de "ventanas" ni aporta código para gestionarlas por su característica de lenguaje del lado del servidor.
Un saludo,