El enlace pondría algo mas que
Código PHP:
http://tudominio.com/activar.php?id=$id
minimo algo asi :
Código PHP:
http://tudominio.com/activar.php?id=md5($id)
pero el id que mandes puedes componerlo con el usuario, el id, un numero aleatorio que guardes en la tabla.... porque si solo mandas el $id alguien con tiempo libre se puede dedicar a probar el enlace con diferentes id's a ver si activa alguna cuenta mas