Y en ese servidor usas
SUexec? (donde se valida el UID y el GID del directorio/archivo a acceder).
Realmente no deberías hacer con PHP lo que pretendes hacer .. NO es nada seguro .. Fijate que un "despiste" de tu programación podría hacer que un usuario por médio de algún script/aplicación "mál" diseñada acceder a archivos comprometedores del servidor.
Te recomiendo una cosa:
Mueve tu archivo con move_uploaded_file() hacia un directorio bajo tu "document root" y de ahí lo copias con copy() hacia tu /home/.... (y si no lo quieres más en tu "directorio temporal" lo borras con unlink() ..). Pruebalo a ver que tal.
Un saludo,