hola, el problema es que ahora tienes que incluir el swf en el html de un modo distinto, es un problema del IE. Hay varias formas de corregirlo, te paso un enlace con un tutorial con una de ellas:
Como incluir los nuevos controles ActiveX de Flash en Internet Explorer.
tambíen hay una extensión para dreamweaver y otra para flash que lo corrige
saludos,
sheshu