Los permisos de escritura son necesarios para subir archivos ¿teniendo esos permisos activados también se permite borrarlos, o es posible manejar el Chmod de manera que suban sin que puedan eliminar?.
Conozco una opción que personalmente creo más cómoda, y es utilizando un script de uploads. El script no sólo restringe el acceso y las subidas a los usuarios que decida el administrador, sino que también encripta los archivos y éstos pueden ser gestionados -al igual que los permisos y rangos- desde un panel de administración.
Aquí puedes encontrar esos programas de los cuales algunos son libres y gratuitos. Y en
este link tienes aplicaciones referentes a manipulación de archivos en general.
De esta manera los usuarios autorizados pueden hacer todas sus operaciones utilizando el navegador sin tú tener la necesidad de crearlos desde el panel de hosting. Todo se desenvuelve dentro de la aplicación y va a parar a una base de datos.
Saludos.
-----------
Edición: Me tropecé con esta aplicación bastante liviana:
XtraFileHost. Ahí se describe lo que ésta puede hacer; igualmente tiene un
demo. Seguramente hay otras con mayores prestaciones, pero ésta me ha gustado mucho debido a lo liviana que es (Alrededor de los 100kb descomprimida) y tengo la impresión de que no requiere BD. De todas formas la probaré porque pinta muy bien.