Código PHP:
if ($_POST['password']!=$_POST['password2'])
{
echo "<script language='JavaScript'> alert('El Password Confirmada No Concuerda Con el Password'); </script>";
header ("Location: mensajes.php?msg=1"); // AQUI VA
//redireccionas al formulario o lo que quieras
}
else
{
//cualquier otra cosa que quieras hacer... (por ejemplo meter el codigo para comprobar el usuario existente q)
}