Lo más rápido es que te cambies de proveedor y donde te mudes que indiques tus especificaciones.
Por qué no "amenazas" a tu proveedor de que si no te cambian esa configuración .. te cambias? (o ya "pagastes" un año completo por ejemplo?).
NO hay forma de saltarse esas restricciones .. Si vas a controlar el Upload del archivo por PHP .. eso es upload "HTTP" si o sí.
Otra restricción que te puede afectar es por el tiempo de ejecución del script .. que suele estar por defecto a 30 segundos y .. eventualmente podrías alterar usando la función:
set_time_limit()
www.php.net/set_time_limit
Usar "FTP" sirve cuando el archivo ya subió al servidor y lo pretendes mover a otro servidor (por protocolo FTP)
Un saludo,