nose.. se podría hacer un select de todo el contenido de la tabla (dos campos) al terminar de hacer la consulta y para cada registro: while tal... (bucle tipico de estos casos) hacer
$sustituto="<div con el onmouseover mostrar texto $row[1]>".$row[0]."</div>"
$texto=sub_str($row[0],$sustituto,$texto);
en $texto quedaria todas las palabras a buscar $row[0] en cada caso, sustituidas por la capa (<div>) que contendría la definicion $row[1] y se mostraria al pasar el raton por encima de la palabra en cuestion..
lo que no se es como funcionaria con una base de datos con muchisimas definiciones y un texto muy amplio...