Podrías hacerlo desde el Form_Load con codigo de servidor si tienes tu DIV con runat="server", pero claro, lo quieres hacer llamando a tu función del fichero .js
Entonces deberias determinar en qué evento "de cliente" te gustaría ejecutar eso. Si por ejemplo, quieres ocultarlo al cargar la página:
Código:
Me.body.Attributes.Add("onLoad", "miFuncion();")
Seria algo por el estilo. Ahora no se si tendrás que agregar al body el runat="server" y el id="body" para poder acceder desde server, supongo que si deberías hacerlo también.
Salud.