Hola,
chmod() establece los permisos a nivel de ficheros (dentro de la estructura de directorios) y lo que parece estar pasandote es que no tienes los permisos adecuados dentro de tu servidor de base de datos. Estos permisos deben ser establecidos desde MySQL. Si tienes acceso puedes hacerlo con la consola, o más cómodamente desde la sección 'privilegios' del phpMyAdmin.
¿cuanto acceso tienes al servidor? ¿es dedicado? ¿es compartido? ¿le administras tú mismo? cuéntanos
ciao