Primero debes de asegurarte que es indispensable el no permitir que el usuario habra el enlace a su gusto.
Si lo consideras asi, pues puedes usar javascript
:
<a href="javascript
:ventanaemergente('')">Abre una ventana</a>
y definir una funcion que te abra una ventana.
En el subforo de javascript seguro que encuentras mejor informacion, en el bucador debe haber muchas entradas sobre este punto.
El tema del target, de la opcion con javascript se ha discutido bastante aqui... Hay mucha gente que considera totalmente justificado el darle siempre al usuario la opcion de abrir el enlace de la manera que quiera.
No se... yo al igual que tu encuentro a veces necesario el uso de ventanitas, de momento suelo usar la opcion de javascript.
Pero tu veras, tambien puedes pasar de los standares y hacerlo como mejor te convenga, es cosa tuya.
Un saludo.