Si estás haciendo un "upload" de archivos .. deberías estar accediendo al archivo (de nombre) temporal que PHP usa al subir tus archivos en:
$_FILES['como_se_llame_el_campo_file_de_tu_formulario']['tmp_name']
Y usar la función move_uploaded_file() que es la función autorizada para hacer ese movimiento.
Revisa la documentación oficial de PHP al respecto:
http://www.php.net/manual/en/features.file-upload.php
Un saludo,