Y vendría bien que explicaras un poco mejor. Eso de "copio un archivo con otro nombre" no me cuadra por ningún lado. ¿Cómo lo copias? ¿Qué comando exacto usaste? ¿Qué sistema de archivos usas?
En fin, nuevamente: somos magos, no adivinos.
(Al menos aquí en Fedora los ejecutables aparecen en color verde; pero eso es totalmente configurable para cualquier distro.)