Si lo vas a hacer con el canopus entonces tienes que recomprimir el vídeo, tardará mucho y perderás calidad... La forma "correcta" de dividir un AVI sin recomprimir ni nada puede ser esta:
www.mundodivx.com/varios/dividiravi.php
Usas virtualdubmod y no te hace falta recomprimir ni nada, por tanto el vídeo quedará exactamente como el original.
Si fueras a dividir un mpg, cambia la cosa, en ese caso revisa esto otro:
www.mundodivx.com/varios/dividirmpg.php
Suerte