Para google es totalmente diferente
www.tudominio.com que
www.tudominio.com/index.php esto es por demas coherente imagina que el no sabe que es la misma cosa y que ahi podria estar
www.tudominio.com/index.html :)
Siempre es mejor redireccionar todos tus links a / de manera que caiga cada link en
www.tudominio.com y no a un index.php ;)
Tambien siempre inscribe tu sitio sin el index.php
Por otra parte no coincido con TEW, si un sitio es igual en todo al otro aparecera en google primero el de PR 8 y no el de PR 0 o 3 :)