Te solicitaba código para ver si realmente estás definiendo alguna cabecera HTTP desde PHP para indicar la codificación concreta que quieres usar .. o en HTML y cabeceras (<meta>) cierta codificación .. e incluso como quedan tus datos en tus BBDD y que codificación tienen estas si las usas.
Tu servidor HTTP por "defecto" (no indicas cual tampoco ..) como servidor HTTP que es, puede "forzar" o asumir cierta codificación si no se le indica otra cosa. Esto suele pasar si envias código PHP sin más HTML que defina la codificación expresamente.
No sé si tienes acceso a tu configuración del servidor HTTP .. pero si la tuvieras y fuese Apache ... revisa en httpd.conf el valor de:
AddDefaultCharset
Debería ser un iso-8859-1
Si compones páginas HTML .. revisa que tengan definido:
<META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=iso-8859-1">
(en el <head> ...)
Si usas scripts PHP que generan salida directa y no compones HTML standar con la cabecera antes mencionada tendrás que indicarlo expresamente vía header() y su correspondiente cabecera HTTP:
Código PHP:
<?
// al principio de tus scripts ..
header("Content-Type: text/html; charset=iso-8859-1");
?>
Un buen artículo al respecto de la W3:
http://www.w3.org/International/O-HTTP-charset
Un saludo,