Permisos

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Hola, resulta que tengo un servidor dedicado con diferentes dominios. Tenia instalada una web en un dominio y movi todo el contenido desde ssh y lo pase a otro dominio, para no tener que descargar toda la web por ftp y volverla a subir, todo perfecto pero ahora que quiero sustituir archivos y imagenes no me deja, me dice permiso denegado, alguien sabe como puedo solucionar este problema?, saludos y gracias.