Gracias, djreficul!!
solo eso a secas no me ha funcionado, estado googleando y he leido que la funcion clear(); se creo para versione antiguas de Netscape y que actualmenta aunque no da errores, no funciona en otras plataformas.
La "ñapa" que he conseguido hacer es esta:
parent.mainFrame.document.open();
parent.mainFrame.document.write("<P>");
parent.mainFrame.document.close();
Es decir escribir algo en el frame para que se borre lo que hay, se puede cambiar el "<P>" por cualquier cosas que "no muestre" nada en pantalla.
Espero que esto les sirva a otros.
S.Aludos!!!