Antes que nada no es necesario deshabilitar el video onboard de la motherboard para instalar la tarjeta de video.
Con "deshabilitar" me imagino que te referis a quitar la memoria compartida de la tarjeta de video onboard; eso se hace en el Bios; si mal no recuerdo te tenes que meter a la opcion de
Integrated Peripherals y por ahi dice
Share Memory Size solo cambiale el valor a 0 MB; y ya.
Saludos