"Quisiera saber como puedo abrir una nueva ventana o emergente de tal forma que esta quede activada pero la pantalla que la activa como tal.. quede desactivada.. No se si esto se pueda realizar."
podes usar Divs, q se conoce tambien como popup sin bordes :P
posiblemente buscabas algo como cuando haces click en la imagen q esta en esta web:
http://www.huddletogether.com/projects/lightbox2/
mirala, pero desde ya q php no tiene nada ver