Gente, les comento cual es el problema por el que se produce esto y la solucion.
Problema: no se visualizan correctamente los caracteres de acentos y las 'ñ'.
Solucion: Si han probado con la cdificacion de ISO-8859-1, pueden probar la siguiente solucion.
En los archivos PHP todas las variables que vayamos a enviar passarlas antes por un urlencode
Código PHP:
$variable = urlencode($variable);
En el archivo de AJAX al recoger el resultado debemos hacer un unescape, para mostrar los carácteres correctamente y no su código
Código PHP:
txt=unescape(ajax.responseText);
txt2=txt.replace(/+/gi," ");
document.getElementById(contenidor).innerHTML=txt2;
También hice el replace debido a que el unescape dejaba en lugar de los espacios en blanco un +.
Pruebenlo y cualquier cosa avisan, saludos