Cambiale el nombre a la variable contenedor por contenedor2 (o cualquier otro) o cuando la declarás ponele "var" delante. Parece ser que IE tiene conflictos con variables de mismo nombre que un ID:
Código PHP:
contenedor2 = document.getElementById('contenedor');
contenedor2.innerHTML = ajax.responseText
o también:
Código PHP:
var contenedor = document.getElementById('contenedor');
contenedor.innerHTML = ajax.responseText
Saludos.