Si vas a hacer un solo corte (dejar un pedazo del video, que no sean varios pedacitos

) mejor usa el TMPGEnc, va más rápido, y en realidad cualquier formato te sirve para codificar en .flv, aunque entre más chico quede mejor.
Lo que te aparece al iniciar es literalmente, cómo vas a trabajar tu video, de qué tamaño es..., y "no afecta a la salida", afecta a la edición directamente...
Recomendación mía, si nunca has usado el Premiere, revisa el videotutorial de primeros pasos con Premiere antes que te salten cien dudas en cien post's

Y pues, lo ideal es abrir un post nuevo.