Es un problema que tuve yo tmb, pero lo solucione de una manera un tanto mas complicada.
en lugar de usar innerHTML, usa objetos DOM, como insertRow e insertCell para crear la tabla, he descubierto que de esta forma funciona en Firefox, IE, y Opera :)
puedes usar algo asi:
Código:
function creaFila( idTabla ) {
var laTabla = document.getElementById( idTabla ).tBodies[0];
var unaFila = laTabla.insertRow(-1);
var unaCelda = unaFila.insertCell( -1 ); // usa -1 para insertar al final
unaCelda.innerHTML = "el texto de la celda";
}