Si vas a usar SQL Server en Linux (acceder en forma remota) .. necesitas instalar un "TDS" como:
FreeTDS
http://www.freetds.org/
Y luego la extensión mssql para PHP (compilando PHP para linux si es necesario o con los RPM's o similar correspondientes, para algunas versiones de Fedora y RedHad los tienes en:
http://phprpms.sourceforge.net/mssql .. para otras distribuciones tendras que buscarlos o bien compilar PHP).
Y así podrás usar las funciones nativas de MS SQL Server de PHP: mssql_xxx() que supongo que es lo que usará en el fondo tu capa de abstracción de BBDD (phplib ..). Confirmalo viendo su código ...
Más info en la documentación de PHP oficial (en la versión en ingles):
http://www.php.net/manual/en/ref.mssql.php
Un saludo,