En el link que generas para abrir tu ventana y URL indicado es ahí donde debes propagar tu variable para que en el script que llamas en esa ventana lo puedas leer:
En resumen .. tu link .. llamará a la ventana en el fondo tipo ...
Código PHP:
window.open('nose.php?variable=<? echo $variable_php ?>','etc','etc')
Fijate que compongo un URL con tu variable en el incrustrado (Propagado).
en "nose.php" tendrás tu variable en:
$_GET['variable']
Un saludo,