como dice PGB deberia funcionar en cualquier lado dentro de body a body, igualmente ellos piden esto:
Cita: Copie el siguiente bloque de código en cada página web de la que desee realizar el seguimiento.
Para seleccionar el código completo, haga clic en el siguiente cuadro. Copie el segmento de código y péguelo al final de su contenido, justo antes de la etiqueta </body> en cada página de la que desea realizar el seguimiento. Si emplea una plantilla o una inclusión común, introdúzcala aquí.
en su admin:
https://www.google.com/analytics/home/admin?
y como no cuesta nada ponerlo donde piden yo les hago caso :)
Recuerdo que al comienzo lo pedian entre el header ;) y luego cambiaron la sugerencia. Por lo que comentas veo que te fijaste el html de alguno de mis sitios, pues en realidad se ve ahi abajo en todas pero yo toque solo 1 archivo que se inserta en todas :P y no me cuesta tanto cambiarlo, pero si me tocara editar 100 paginas ahi capaz no les hago caso cada vez que se les ocurre cambiar el experimento.