Sería bueno que usaras el programa GSpot para verificar los datos de los videos, hace como medio año le pasó a un usuario lo mismo y el problema era una configuración extraña, no anormal, pero sí extraña del bitrate... Prueba y revisa las diferencias de los datos que arroja el programa.
Puedes probar usando el TMPGEnc para darles una pasada a los que no ves para intentar corregirlos.
