Bueno un servidor Linux y uno UNIX son muy pero muy similares, ya que el primero es un sistema operativo imagen del segundo, solo que gratuito. UNIX es un poco más confiable aunque también tiene mas dificultades de uso, y un precio mucho más elevado.
Windows en cambio es mundialmente reconocido por ser la plataforma inestable por excelencia.
Ahora, la gran diferencia a nivel web es que Linux y Unix funcionan a las 1000 maravillas con PHP + xSQL (salvo mssql claro), no se traban, son seguros por defecto. De modo que salvo que lo arruines sera muy dificil una intrusion. Agregale un firewall y es virtualmente impenetrable. Junto con Apache, son una plataforma muy potente.
M$ tiene en cambio su Internet Information Server (IIS, acrónimo de dificil pronunciacion) que una vez más es inseguro y bugful, cuando se dan a conocer errores por el underground de la red generalmente se tarda mucho hasta que salgan los patchs oficiales, y esto junto con el odio de esa comunidad a todo lo que sea M$, bueno, es como "HACKEAME", a menos que tu sysadmin sea muy competente. Finalmente, un servidor linux Apache - PHP+MySQL puede ser tuyo por la modica suma de $0.- , y podes tenerlo en tu propia casa con una conexion de banda ancha sin que esto represente un enorme defecto de seguridad.
Solo averigua los precios de M$, pero no olvides que tienen valor agregado: miles de bugs gratis!!!
Espero que no encuentres mi opinion muy parcial ;) En caso de que sea asi bueno mi firma lo dice todo, saludosss
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