Hola:
En las FAQs hay un mensaje sobre la forma de hacer un enlace a una ventana popup...
De todos modos, si solo interesa ejecutar un script no creo que esté bien usar un enlace (ta que tiene otro objetivo)... podría usarse cualquier tag, y de querer la manita, ponerla con estilos:
<span style="cursor: pointer" onclick="window.open('destino.html')" >ventana</span>
Saludos
