Hola Azrael666,
prueba a hacer lo siguiente, cambia la función comprueba de manera que lo que mira es que si existe el propio iframe, de esta manera sabrás si existe el padre:
Código:
function comprueba() {
if (parent.prueba==null) { alert("No hay pagina padre");}
else { alert("hay pagina padre");}
}
A mi, de esta manera me va de maravilla!
Saludos