Tenés que desarrollar un sistema de usuarios, casi siempre es en
PHP.
En sí, cuenta en principio con un
formulario de registro, que almacenará user y password en la Base de datos.
Luego, el
formulario de autenticación servirá para que el usuario se loguee (inicie sesión), y acceda a un index similar, pero que posee los links originales al archivo a descargar.
Tal vez pueda explicarte mejor...
Vas a tener que hacer dos páginas principales similares...lo que van a tener distintos son los links. La página principal, va a tener todos los links a una página que pide iniciar sesion; una vez que iniciaste sesion, te va a llevar a las páginas originales, incluyendo el archivo que desees descargar.
En PHP no soy experto pero me defiendo, y si te vas a iniciar te recomiendo el
autentificador de Cluster que creo que alguna vez todos lo hemos usado o analizado. Luego podrás hacer algo más complejo, pero como para comenzar está muy bien. Muchos te lo recomendaran.
Este autentificador se basa en PHP e interactua con bases de datos MySQL, por lo que necesitarás tener alguna en tu servidor..Aca hay un post escrito por el mismo Cluster presentando su autentificador:
ir al post..
Añado: También hay sistemas como el
Mambo (Actual
Joomla) y
PHP-Nuke que te sirven para eso...pero si ya tenes el sitio hecho no...ya que esos te hacen el sitio desde cero..
Bueno, espero que mi respuesta te haya servido por lo menos para aclarar un poco lo que tenés que hacer.
Slaouds, 
..