Muy buenas.
Despues de mucho buscar por la red encontre una forma de resolver el problema que plantee.
La solucion para el problema es la siguiente: se instancia una variable del tipo del control de usuario que hemos creado, se llama al metodo LoadControl pasándole la ruta parcial donde hemos creado el control de usuario y finalmente se agraga a la coleccion de controles.
Dim novios As New RepeaterNovios
novios = LoadControl("controles\RepeaterNovios.ascx")
Me.PlaceHolder1.Controls.Add(novios)
Espero que os sirva para vuestros proyectos ya que a mi me ha servido mucho.
Un saludo
Uli