mm.. y si vas metiendo las palabras que vas modificando en otro array, y antes de hacer el cambio miras a ver si estan ahi, y si estan no haces el cambio??.. quiero decir:
for ($i=0;$i<=count($glosario);$i++){
//if (no está en el array "usadas") se hace todo esto {
$parte=explode(":",$glosario[$i]);
$exp="<a href=\"#\" onClick=\"MM_openBrWindow('glosario.php?temario=$t emario&seccion=$seccion&sub=$sub#$i','glosario','s crollbars=yes,width=400,height=500');return false\" title=\"$parte[1]\"><sup>?</sup></a>";
$txt=str_replace(strtolower(trim($parte[0])),strtolower(trim($parte[0]))."$exp",$txt);
$txt=str_replace(ucfirst(trim($parte[0])),ucfirst(trim($parte[0]))."$exp",$txt);
//aqui meterias esa palabra en el array "usadas". //}
//y si está.. no se hace nada
}
por ahora es la unica solucion que se me ocurre.