muchisimas gracias spider boy, exactamente diste en el clavo con lo que nesecitaba saber en esta parte:
ej: $query = mysql_query("SELECT asignaciones FROM usuarios WHERE usuario='$usuario'");
$row = mysql_fetch_assoc($query);
$asig = explode("-", $row['asignaciones']);
$query2 = mysql_query("SELECT salario FROM asignaciones WHERE asignacion='$asig[0]'"); // $asig[0] corresponde a la asignación número 1 dada en el ej. de más arriba...