Saludos!
Hace tiempo que lo usé, creo que era en un FTP del IIS y no tuve problemas, eso sí, creo recordar que lo usé en una aplicación Windows, quizá el problema sea ese, aunque es un poco raro eso de que puedas crear carpetas pero no puedas subir archivos, no sé, ahora mismo no se me ocurre nada, siento no poder ayudarte mucho más.
Lo único que puedo decirte es que he leído que si estás usando el framework 2.0 tienes la clase FtpWebRequest y subirías el archivo así:
Código:
Uri serverUri = new Uri(ftp://www.elNombreQueSea.com/miArchivo.jpg);
WebClient clienteftp = new WebClient();
clienteftp.Credentials = new NetworkCredential("miUsuario", "miContraseña");
clienteftp.UploadFile(serverUri, "miArchivo.jpg");
Un saludo.