La mejor opción para indexar todas las páginas de un sitio web especialmente en google, es haciendo un buen uso de los sitemaps. En el caso de google, existe una herramienta que te puede ayudar.
Ingresa a
http://www.google.com/webmasters/sitemaps
Allí encuentras la documentación necesaria y las intrucciones para crear el sitemap y después subirlo.
Te aseguro que esta forma es la indicada para que indexen las páginas que quieras, además, claro, de los links internos y externos el buen uso de los mismos.