No se si entendi bien. El Access guarda toda la informacion (tablas, forms, etc) en un solo archivo, como sabras. Pero otros sgbd como dBase utilizan un archivo por tabla, ademas de los scripts para ejecutar comandos. Es por eso, probablemente que no te deje exportar toda la bd, sino tabla por tabla.
Si necesitas exportar tablas a mySQL, existe una utilidad que te lo permite (busca en mysql.com), sino, podes exportar todos los datos como csv y luego importarlo con otra aplicacion para mySQL.
Saludos.
<div align="right">Guerrillero del ERF</div><div align="right" style="font-family:Verdana;font-size:10px">Verdad Nro. 2:<br>Pez que lucha contra la corriente...<br>muere electrocutado.</div>