Buena explicación Valkam :)
Voy a agregar unas imagenes para que sea mas grafico:
Este es el patron MVC como esta implementado en Struts:
Cada "Action" de struts ligado al controlador es en realidad el patron "Command".
Este es el patron Capas:
Aun cuando el ejemplo muestra 3 capas (que es lo tipico) podrias tener muchas mas, se recomienda no mas de 7.
Si has tenido chance de conocer como funciona las redes segun OSI veras que tiene una arquitectura de capas, es algo semejante a lo que tratamos de hacer con el software usando "Capas".
Saludos