Hola
Mirovita 
Si no he entendido mal lo que necesitas es que a php le lleguen arrays con los valores de los campos por cada columna ¿no? ¿por qué no le indicas directamente que los campos que compartan el mismo nombre son un array en php?
Es decir, a los names de tus campos les agregas un par de corchetes []
<input type="text" name="contrato[]" />
De esa forma llegarán esos valores en un array de nombre contrato a php sin necesidad de usar javascript
Un saludo
